Pelaksanaan perkuliahan menggunakan sistem SKS yang berjumlah kurang lebih 155 SKS. Secara garis besar, jumlah SKS dibagi kedalam dua unsur yaitu unsur teori dan unsur praktik yang secara keseluruhan diselenggarakan selama 8 semester dengan rasio atau perbandingan masing-masing 40% teori dan 60% praktik.
Pelaksanaan kegiatan praktik dilakukan melalui tiga cara, yaitu praktik laboratorium, praktik lapang dan praktik magang kerja. Sistem evaluasi pendidikan terdiri atas ujian tengah semester, ujian akhir semester dan ujian Karya Ilmiah Praktek Akhir.
Sistem penilaian terhadap taruna dilakukan secara periodik setiap semester. Seorang Taruna harus mencapai IP minimal 2,5 untuk dapat dinyatakan lulus ujian dan berhak mengikuti semester selanjutnya. Sebaliknya bila tidak memenuhi jumlah IP minimal tersebut, maka yang bersangkutan dinyatakan gugur.
Penulisan Karya Ilmiah Praktek Akhir merupakan suatu persyaratan mutlak untuk memperoleh sebutan Sarjana Sains Terapan Perikanan. Selanjutnya, sistem pendidikan di STP juga dilengkapi dengan pembinaan fisik dan mental melalui sistem semi-militer. Hal ini dimaksudkan untuk membekali para taruna dengan disiplin yang tinggi serta karakter yang kuat. Sistem ini juga sangat bermanfaat dalam rangka mengembangkan sikap kepemimpinan maupun kapabilitas ilmu pengetahuan.
Jurusan dan Program studi
- Jurusan Teknologi Penangkapan Ikan meliputi Program Studi Teknologi Penangkapan Ikan (TPI), dan Program Studi Permesinan Perikanan (MP);
- Jurusan Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan meliputi Program Studi Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan (TPH);
- Jurusan Teknologi Pengelolaan Sumberdaya Perairan meliputi Program Studi Teknologi Akuakultur (TAK) dan Teknologi Pengelolaan Sumberdaya Perairan (TPS);
- Jurusan Penyuluhan Perikanan meliputi Program Studi Penyuluhan Perikanan (PP).